开发蛋白设计算法，用于抗体和疫苗相关研发；
发展靶向药物设计算法，用于肿瘤与衰老等研究；
探索前沿 AI 模型在生命科学中的创新应用。
主要成果
1. 小分子药物设计平台构建与应用
自主开发了涵盖分子对接（CB-Dock, FitDock）、亲和力评估（CYSCORE）、相似性比较（LigMate）、AI 分子生成（FitGen）及药物重定位（DrugRep）的全流程计算平台。基于该平台，通过“计算预测 + 实验验证”的闭环研究模式，成功发现了多个针对肿瘤靶标的苗头化合物及老药新用候选分子，相关软件在领域内获得广泛应用。
2. 蛋白药物设计与工程化
建立了从蛋白结构建模（CIS-RR）、成药性评估（Abeva）、二硫键设计（Disulfind）到抗体数据分析（AbRSA, Abalign）及抗体建模（AbCVista）的完整算法体系。利用该体系，成功设计出多个具有高稳定性、高靶向结合能力的人工蛋白、新型疫苗载体及人源化抗体分子。
学术影响力与项目
研究成果发表于 Nature Cancer, Nucleic Acids Research, Acta Pharmaceutica Sinica B 等国际知名期刊。累计论文引用超过 5000 次，其中 4 篇入选 ESI 高被引论文，1 篇入选 ESI 热点论文。主持国家自然科学基金、科技部重点研发计划、国家重大新药创制科技重大专项等多项国家级科研项目。
招生：
欢迎有志于生物医学研究的同学报考。研究工作干湿结合，接收生物信息学、生物学、计算机科学、生物物理、药学等多种相关专业背景的员工攻读硕士、博士学位。
工作经历：
2011-今， tyc5997太阳集团，tyc5997太阳集团
教育经历：
2020-2021，哈佛大学，访问学者，X. Shirley Liu Lab
2016-2017，密歇根大学，访问学者，Yang Zhang Lab
2004-2010，中国科学院生物物理所，生物信息，博士
2000-2004，西南交通大学，应用物理，学士
代表论著：
J Xu#, J Liu#, Y Liu# , T Huang , Y Yi, R Bai, H Zheng, X Chen, J Gao , X Lian , R Guo, C Xu, Q Li, Y Zhang, Y Cao*, P Mi*, ZX Xiao*, M Niu*. Targeted inhibition of FBXL2 confers susceptibility of HER2-negative breast cancer to trastuzumab deruxtecan. Nature Cancer. 7(2):334-351. 2026
F Zong#, C Long#, W Hu#, S Chen, W Dai, ZX Xiao, Y Cao*. Abalign: a comprehensive multiple sequence alignment platform for B-cell receptor immune repertoires. Nucleic Acids Research. 51(W1),W17–W24, 2023.
Y Liu#, X Yang#, J Gan#, S Chen, ZX Xiao, Y Cao*. CB-Dock2: improved protein–ligand blind docking by integrating cavity detection, docking and homologous template fitting. Nucleic Acids Research. 50(W1), W159–W164, 2022 (ESI高被引论文、热点论文)
X Yang, YLiu, J Gan, ZX Xiao, YCao*. FitDock: protein–ligand docking by template fitting. Briefings in Bioinformatics. 23(3), bbac087, 2022. (ESI高被引论文)
M Niu , J Xu , Y Liu , Y Li , T He , LDing , YHe , Y Yi , F Li , R Guo , Y Gao , R Li , L Li , M Fu , Q Hu , Y Luo , C Zhang , K Qin , J Yi , S Yu , JYang , H Chen , L Wang , Z Li , B Dong , S Qi , L Ouyang , Y Zhang , Y Cao*, ZX Xiao*. FBXL2 counteracts Grp94 to destabilize EGFR and inhibit EGFR-driven NSCLC growth. Nature Communications. 12, 1-15, 2021
Y Liu#, M Grimm#, W Dai, M Hou, ZX Xiao, Y Cao*. CB-Dock: a web server for cavity detection-guided protein-ligand blind docking. Acta Pharmacologica Sinica.41,138-144, 2020 (ESI高被引论文)
L Li#, S Chen#, Z Miao#, Y Liu, X Liu, ZX Xiao and Y Cao*. AbRSA: a Robust Tool for Antibody Numbering. Protein Science. 28, 1524-1531, 2019
Y Cao*,L Li., Improved protein-ligand binding affinity prediction by using a curvature dependent surface area model, Bioinformatics, 30(12):1674-1680,2014 (ESI高被引论文)
Y Cao#, L Song#, Z Miao, Y Hu, L Tian, T Jiang*., Improved side-chain modeling by coupling clash-detection guided iterative search with rotamer relaxation, Bioinformatics, 27(6), 785-790, 2011
